Der Ursprung der Stadt liegt auf einem Plateau 550 m über dem Meeresspiegel. Die fruchtbare Ebene des von den Ureinwohnern Aguere genannten Tals war im Jahr 1495 Schauplatz der Eroberung von Teneriffa durch den ersten Statthalter Alonso Fernández de Lugo.
San Cristóbal de La Laguna hat zwei Ortskerne.
Die sogenannte Oberstadt Villa de Arriba ist die erste Gründungsstätte und hat eine ungeplante Struktur. Die östlich gelegene Unterstadt Villa de Abajo wurde nach Plan mit klarem Raster entworfen. La Laguna ist eine der ersten Städte außerhalb des europäischen Festlandes, welche nach einem Raster entworfen wurde.
La Laguna inspiriert durch das architektonische Erbe seiner Bauwerke mit den Einflüssen des Mudéjarstils, der späten Renaissance sowie portugiesischer, kastilischer und holländischer Baumeister, des Neoklassizismus, des Modernismus, Rationalismus sowie der zeitgenössischen Architektur.
In der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts begann das Wachstum der Stadt. Der wirtschaftliche Aufschwung zwischen 1975 und 1995 ließ in der Universitäts- und Verwaltungsstadt neue Arbeitsplätze entstehen. 1999 wurde die Stadt zum UNESCO-Welterbe und belebte das Interesse zur Erhaltung der vorhandenen Substanz durch die Stadtverwaltung.